本人2016应届生毕业落户上海，根据上海市政策，5月30号之前应通过公司向有关部门提交材料，当时公司同意帮忙提交材料，并未告知有其他附加条件。但等到7月份拿到毕业证签订劳动合同的时候，公司以落户为由要求签订5年服务协议（违约金1万/年）；此时户口正在办理过程中，如公司此时中断落户手续，将会错过落户的时间，所以当时不得不签。本人符合上海市应届毕业生落户条件，落户过程也是按照上海市当年的政策执行的，落户未利用公司的优惠待遇。现在两年过去了，本人提出离职，按协议需赔偿公司3万元，想请教一下公司这样做是否合法。离职过程中涉及到此事本人如何处理比较得当有利。
