你的问题太过复杂，先告诉你毕业后走档案的一般程序吧。毕业生在毕业后的档案去向是有具体规定的。首先，毕业后如果签了就业协议，且单位同意安置档案的话，那么档案就会直接寄送到单位；其次，如果签了协议，但是单位不负责档案的安置，那么需要学生与当地的人才交流中心签订档案托管协议；再次，如果毕业生毕业没有签协议，那么档案就会跟着派遣证走，即派遣证派到哪里，档案就会被寄到哪里。
按照你所说的这种情况，如果你签了个私人企业，这样的企业一般不负责安置档案（其实就算他们负责安置，建议你最好也别把档案带去，因为将来再出来会麻烦），那么档案应该是跟你的协议（和派遣证）被送到你单位所在的城市了。档案回来的第一站是省大分办，然后从省大分办会派到市大分办（就是市人事局大分办），市大分办会等毕业生自己持派遣证去处理自己的档案（或签到工作单位去，或放到人才交流中心去），对于当年的毕业生过年前还没有处理自己的档案，按照一般原则是直接将档案送到市人事局下属的人才交流中心了（有问题的档案除外）。因此，在档案还在人事局的时候，就到人才交流中心与他们签订托管协议就可以了，因为人才交流中心的一个重要功能就是负责档案的托管，因此，托管是没有时间限制的，只需要一年180-200左右的托管费。
档案放在人才交流中心还有一个好处就是可以根据你的需要进行调动。比如考上研究生就去那里将档案调到学校，找到了好的工作就可以把档案调到工作单位。不管在本地还是外地，档案放在人才交流中心应该是最稳妥的了。
你所说的盖章的问题，档案签到人才交流中心，那么协议上盖的是人才交流中心的章。这个托管协议与就业协议是不混淆的，就是说即使你签了就业协议，仍然可以与人才交流中心签托管协议的。
最后是你面临的毕业论文答辩的问题。其实签不签协议无非只是毕业论文答辩得分不太高罢了，这个分数对于毕业生来说真的是无关紧要的，肯定让过关的（不过关的一般都是极少数论文写的非常不象话的）。
1.毕业生就业协议是学校统计就业率用的,也是用来换报到证(干部身份证明)的,也有提档信的作用
2.提挡流程:先找到家单位,打听好在哪里存档,把就业协议交给他们,应该是一式四份,已经由学校盖好章的,先本人签子,单位盖章(人事章就可以),单位存档的劳动局或人才盖章(劳动鉴证章),然后由本人将盖好章的协议拿到学校,学校开证明换报到证拿档案,本人将报到证,档案及入档的登记表一齐交到人事部门就可以了,以后也不会和学校有多大关系.
3.最好找一家在劳动局人才(比如XX区人才服务中心)存档的企业,这样以后转档案会比较快,比将档案交给私营人才代理的收费也低.如果差什么手续也比较好补,不会说十年以后找不到了.
4.换了其他工作以后,存档在劳动局的人才,只需要新单位通过新存档地开商调函就可以了,取出档案时,原劳动局开出介绍信,就可以转出了.
5.有的事业单位对于合同工是不转档的,也有的在行政部门存档....建议你尽量不去那种单位,除非是很好的工作,有机会转公务员.否则再换工作时,保险手册都有可能和别人不一样.很麻烦.
6.签了协议了不送回去就可以托管了....或者告诉学校新单位不转档.现在有不少单位都不转档,省去不少麻烦.
7.去外省工作最好不要随便调动档案.因为以后想转回来会很麻烦,也不要随便在当地建新档案,并档更麻烦.
如果外省新单位不要求外地人员调档,只需要在原存档地开份存档证明就可以了(比如个人存档协议书).
8.档案目前来讲还算是挺重要的,如果评个什么级啊啥的都需要的,当地调动也是得调的,不过还是看新单位的政策,你只要掌握好自己档案在什么地方就好.
