本人国内土木工程硕士在读，想去美国读经济学博士，而且不够自费的，请问有机会申请到么，如果可以，要做哪些准备工作呢？
说学校是top5的，全国有10所以上大学
从你的问题来看，题主几乎没有了解过申请的信息。
我想先问题主：为什么想读PhD？为什么是经济学？是否至少修过中微中宏计量？是否有做经济学研究的经历？是否了解EconPhD的就业情况？
然后回答问题，美国的EconPhD多数是全奖的(免学费，一年2万刀上下的stipend)，自费的情况集中在比较缺钱的公立学校。因此基本不存在钱不够的问题。
至于是否能申请上和需要做什么准备，相关的信息到处都能查到(e.g.,gter)。申请这件事很辛苦，想做伸手党的话，还请题主趁早断了申请的念头。
虽然是跨专业
但是还是有机会
几点小小建议给题主
1标准化考试TOEFLGRE要考具体多高比学校录取成绩高点就行
2GPA这个很重要代表你在大学几年的学习成果和态度美国会用这个衡量你
3建议题主学些经济类课程至少了解下
4咱们是跨专业和相关目标学校老师套词一下拉进感情
美国的博士录取大部分都是导师说了算
也就是说导师说录取就录取然后从招生办走个流程就行
而且是否给全奖也是导师说了算
当然还要结合系里教研室今年资金是否充裕
祝好
从楼主给到的信息来看，难度是非常大的。
经济学博士不像理工科博士，本身申请难度就非常大。加上楼主工科出身，首先经济学课程学的不会多，另一方面也没什么机会参与到经济学相关的科研和论文写作中，所以申请难度就更大了。
无论是哪个专业，申请博士除了本科院校尽量好（硕士经历不强求，有的话左边加分右边），绩点尽量高以外，重中之重都是在科研，也就是是否有paper发表，有几篇，是几作以及发表的刊物级别等等。如果没有科研成果，那么博士申请基本就是炮灰了。
再来说说公费的事情。美国的博士只要能拿到录取，基本都是有奖的，并且绝大部分都是带工作性质（比如TARA）的全奖，所以重点不是有没有钱，而是你能否申到。只要能申到，基本不用走公费了，美国院校给的钱就够了。退一万步讲，如果学校给的钱不够，你要走公费，那么公费名额是看你的硕士在读院校的，由教育部直接把名额下发到高校，然后高校再来评判你是否有资格走公费的。
一、关于转专业申请经济学PhD
看这个问题下的回答疑惑了半天，原来是这个问题已经被修改得和原来大不一样了。最开始题主提的问题中描述的条件是硕士top5，看样子应该是上海交通大学。后来不知道为什么题目修改成top50了，国内top50……和top5那就差距很远了。
如果是top5工科硕士申请的话还是比较占优势的，但排名再稍微靠后基本上国内的排名就没什么意义了。国外很多大学对于国内高校的排名其实很熟悉，本科出身在申请中也占了比较大的作用。一个最好的申请标准就是清北硕士/本科、高GT、高GPA&rank、数量多且分数高的数学课程、牛推、一定的研究经历和成果。
申请经济学博士，跟申请土木工程的博士是两个概念。申请硕士还不那么看重科研，因为本科阶段也没几个人能拿得出像样的科研经历和成果，但申请博士的话硕士阶段的科研经历/实习经历、论文这些就非常重要了。如果你要申请经济学的博士，至少要上过经济学的课，有相关的研究经历，最好是有论文发表。不管是什么专业的博士，要求的都是科研能力，申请的时候别人看重的也就是这些。
好在工科硕士一般数理都比较好，对于经济学PhD申请还是很有帮助的，很多经济学教授在招人的时候也特别喜欢招理工科的，像物理转经济的。但是多数还是申硕士的时候就转了，这个阶段对于科研能力的要求没那么高。如果题主执意要转专业申请经济学PhD，我想你会面临非常大的困难。
经济学申请总体比理工科要难，本科能直接申到top20的人很少，大多数人的定位在20-80之间,定位与选校在自身条件并非卓越的情况下谨慎为佳。当然，另一种定位思路是出于PhD学位给自身带来的效用，经管类的同学选择很多，PhD过程的缺点(背井离乡多年、艰深晦涩的课程、鲜有亲友)和不确定性也很大，这种思路也无可厚非。在对学术非情有独钟的情况下，如果学校好还值得去，如果学校一般我觉得还不如工作。
二、经济学PhD申请注意事项
1)经济博士项目排名
好的项目往往方向齐全、师资卓越、学生优秀，peereffect不言而喻。学术圈看出身，好的项目对于你将来的发展至关重要。个人建议：50名以后的项目不值得去。
2)专攻方向的排名这个决定你与项目的匹配程度。
经济学的主要几个专项有：宏经/微经(分理论和应用)、产业经济学(IO)、博弈论、计量经济学、发展经济学、劳动经济学、公共经济学、国际经济学、经济史、货币银行学、制度与政治经济学、实验与行为经济学等。如果对商业经济学、金融学、能源与农业经济学特别感兴趣，可以分别申请商学院和农经的博士项目。
接下来就是如何选择个人专攻方向的问题了。首先是本科生课程中找到自己擅长又喜欢的课程;其次是研读北美博士项目中该课程的课件、书籍和前沿论文30+篇(这些可以在MIT等公开教学资源中找到)，了解该领域的经典理论和最新动态;最后是对该领域找出自己感兴趣的问题和个人贡献，可能的话写成成果。依照以上的程序我选择了国际经济学和发展经济学。
3)自己和推荐人与该校的联系
如果自己认识某个学校的教授并与其做过申请上的沟通，抑或自己的推荐人毕业于该校或在该校任职，那么这些学校可以成为你重点考虑的对象。在美国networking非常重要。
4)对中国学生及母校相对比较友好的学校
这个很难盖棺定论，每年AdCom成员变化、申请人构成变化都会引起结果的不确定。收中国人多的学校自然申请人也多很多倍，收的人少的内殴竞争相对宽松。几个相对友好的学校有：UPenn,Cornell，U-Wisconsin,PSU,WUSTL,UC系列,BU,OSU,ASU,SUNY系列等等(友好学校往往对少数录取人提供奖学金)。友好也是有针对性的，PSU去年年底在北大进行面试并发放了6个fellowship，UPenn在前年收了6个清华，其它学校难以有这样的机会。
5)毕业出路
大多数学校项目的网页上都会有就业记录(placementrecord)，选择比较辉煌的地方自己将来的发展亦有保障(注：经济学一般没有博士后作为缓冲，博士毕业时直接凭论文在jobmarket跟人PK)。一般而言，在美国经济学博士的出路中，一流是研究性大学的教职，二流是政府相关职务(机关、世行、智库等)，三流是业界(投行、咨询等)。学生出路除了与学生本身实力有关以外，还和导师的声誉、关系、推销学生的努力程度有关。所以，一些牛校的placement不一定好(比如Columbia、Cornell)，一些排名相对靠后的学校非常有竞争力(BU、PSU)。虽然是个人选择，但是还是强烈建议各位准博士往学术方向靠拢，不然对后面的申请人对所读学校都有比较不好的影响。读到一半拿硕士文凭去华尔街也是很伤人品的事情，这个有不少前车之鉴了。既然我们都体会过申请的艰辛，那么维护中国学生的声誉、为以后的同胞们考虑也是理所应当的事情。
6)其它
地理位置、学校综合排名、个人偏好等相对次要的因素。
三、关于奖学金
一般没有自费读PhD的，基本上都有全奖，如果没有你不去就是了。
